El activismo de Bergoglio contra el gobierno se acentúa con la aproximación de los procesos al ex capellán de la policía bonaerense Cristian von Vernich en La Plata y a diversos oficiales de la ESMA en la Capital, por “crímenes contra la humanidad”, según la definición de los jueces federales Arnaldo Corazza y Sergio Torres. Pero además, el presidente de la Conferencia Episcopal sobreactúa su conversión, al promover que los asesinados sacerdotes y seminaristas palotinos sean canonizados y denunciar ante la justicia el homicidio del obispo de La Rioja Enrique Angelelli. Bergoglio sostiene que la Iglesia ha hecho una autocrítica por el desempeño de su jerarquía en los años de la dictadura, cosa que el sociólogo de la religión Fortunato Mallimaci niega, y que su composición ha cambiado, lo que es evidente. En encuentros con periodistas y políticos (de los que dan cuenta notas del semanario Perfil del domingo 17 de septiembre y del diario Clarín del domingo 15 de octubre) ha recriminado a Kirchner la difusión de sus relaciones con el ex almirante Massera y el secuestro de dos sacerdotes, contenida en mis libros El Silencio y Doble juego. La Argentina católica y militar. No es así: esa investigación comenzó y fue parcialmente publicada cuando gobernaba Carlos Menem. A Bergoglio le consta, porque fue entrevistado y tuvo la oportunidad de contar su versión de los hechos. La primera acusación contra Bergoglio fue formulada por Emilio Fermín Mignone cuando Kirchner ni siquiera había llegado a la intendencia de Río Gallegos y Bergoglio era apenas un ex provincial recluido como prisionero en una casa de la Compañía de Jesús en Córdoba. Esto escribió la imponente figura intelectual del movimiento por los derechos humanos, en el capítulo 6 de su libro Iglesia y dictadura, de 1986:

“Esta siniestra complicidad explica algo que cuesta entender a los observadores católicos extranjeros: la sorprendente pasividad de un episcopado que contempla sin inmutarse como obispos, sacerdotes, religiosos y simples cristianos son asesinados secuestrados, torturados, apresados, exiliados, calumniados (...) En algunas ocasiones la luz verde fue dada por los mismos obispos. El 23 de mayo de 1976 la infantería de Marina detuvo en el barrio del Bajo Flores al presbítero Orlando Yorio y lo mantuvo durante cinco meses en calidad de “desaparecido”. Una semana antes de la detención, el arzobispo Aramburu le había retirado las licencias ministeriales, sin motivo ni explicación. Por distintas expresiones escuchadas por Yorio en su cautividad, resulta claro que la Armada interpretó tal decisión y posiblemente algunas manifestaciones críticas de su provincial jesuita Jorge Bergoglio como una autorización para proceder contra él. Sin duda los militares habían advertido a ambos acerca de su supuesta peligrosidad. La magnitud y la ferocidad de esa persecución son sorprendentes, como se advertirá con la lectura del capítulo octavo. La Iglesia argentina cuenta con centenares de auténticos mártires, que sufrieron y murieron por la fidelidad a los principios evangélicos, en medio de la indiferencia o la complicidad de sus obispos. ¡Qué dirá la historia de estos pastores que entregaron sus ovejas al enemigo sin defenderlas ni rescatarlas!...