El 24 de marzo de 2004 el gobierno nacional y el de la ciudad de Buenos Aires firmaron un convenio con el que se resolvió desafectar todas las instituciones militares del predio de la ESMA, restituirlo a la ciudad y crear allí el Espacio para la Memoria y la Promoción y Defensa de los Derechos Humanos. El 28 de diciembre de ese año, la comisión que formaron ambos gobiernos tomó posesión de las primeras cuatro hectáreas, que incluían siete edificios al frente del acceso principal del terreno, sobre la avenida Del Libertador. En marzo de 2006 se traspasaron otras cinco hectáreas, lo que implicó que la comisión contaba con el 50 por ciento del predio. En una primera instancia se había dispuesto el 31 de diciembre de 2005 como fecha límite para el traspaso de todas las instalaciones. A raíz de la demora en la mudanza de algunas escuelas navales que funcionaban en el lugar, se estableció el 30 de septiembre de 2006 como fecha límite para la entrega del predio de 17 hectáreas.