La investigación judicial comenzó a fines de 2013 sobre un universo específico: un centenar de expedientes incorporados en el Juicio a las Juntas y causas conexas en los que aparecen procedimientos militares y policiales fraguados para ocultar los homicidios calificados de más de ciento cuarenta (140) víctimas. Rafecas acreditó hasta ahora la responsabilidad de los oficiales de las tres fuerzas armadas con relación a los expedientes en los que se pretendió ocultar los homicidios de ciento veintitrés (123) víctimas y los secuestros de otras trece (13) personas cometidos en los mismos operativos clandestinos.