Atilio Aníbal Alterini renunció a su candidatura al rectorado de la Universidad Nacional de Buenos Aires ante la imposibilidad de mantener por más tiempo esa postulación. El conocimiento de los dictámenes en favor de la cesantía de mujeres embarazadas y de docentes detenidas-desaparecidas durante la última dictadura produjo un quiebre en el grupo de decanos y consejeros que lo apoyaban. Pero la investigación sobre el proyecto Digesto Jurídico Argentino, por nueve millones de pesos-dólares, comprometió también su continuidad como decano de la Facultad de Derecho y, lo que más lo inquieta, su futuro profesional: ya se han abierto dos investigaciones judiciales (en el fuero federal y en un organismo de control funcional de la corrupción) y comenzaron a recibirse declaraciones testimoniales.

En 2003 el ministerio de Justicia preparó una denuncia por administración fraudulenta, malversación de caudales públicos y falsedad ideológica dedocumento público, pero no llegó a presentarla porque el gobierno nacional recomendó buscar una solución menos estrepitosa. Alterini declinó el 80 por ciento de sus exorbitantes pretensiones económicas y el ministerio acordó reconocer el 20 por ciento de los sobrecostos exigidos para concluir el demorado proyecto. Especialmente enojoso es el caso de Jorge Alterini, hermano del director del proyecto, quien aparece cobrando 3.000 pesos mensuales en febrero, marzo, abril y mayo de 2000. Jorge Alterini, quien no participa en las actividades políticas de su hermano, lo niega. En aquel momento era juez y el régimen de incompatibilidades no le permitía otra tarea remunerada que la docencia.

La Directora Contable de la Facultad, licenciada Alicia B. Pormi, informó que todos los pagos del Digesto cumplieron con los estrictos requisitos del Sistema Presupuestario, Financiero y Contable (SIPEFCO). También distribuyó fotocopias de varios cheques no endosables en favor de Atilio Alterini por las liquidaciones que se atribuyen a Jorge Alterini. Lo que no explicó es cómo un sistema con requisitos tan precisos permitió que en las planillas entregadas por el Digesto al auditor Price Waterhouse apareciera un hermano en vez del otro, sobre todo si, como también sostiene, Jorge nunca tuvo relación alguna con el proyecto. A quienes sostengan la hipótesis del error, convendría recordarles que los Reyes Magos son los padres.